A community effort in SARS‐CoV‐2 drug discovery
Johannes Schimunek
(1)
,
Philipp Seidl
,
Katarina Elez
,
Tim Hempel
,
Tuan Le
(2)
,
Frank Noé
(3)
,
Simon Olsson
,
Lluís Raich
(4)
,
Robin Winter
,
Hatice Gokcan
(5)
,
Filipp Gusev
,
Evgeny Gutkin
,
Olexandr Isayev
(5)
,
Maria Kurnikova
,
Chamali Narangoda
,
Roman Zubatyuk
(6)
,
Ivan Bosko
,
Konstantin Furs
,
Anna Karpenko
,
Yury Kornoushenko
,
Mikita Shuldau
,
Artsemi Yushkevich
,
Mohammed Benabderrahmane
(7)
,
Patrick Bousquet-Melou
(8)
,
Ronan Bureau
(7)
,
Beatrice Charton
(9)
,
Bertrand Cirou
,
Gérard Gil
,
William Allen
,
Suman Sirimulla
,
Stanley Watowich
,
Nick Antonopoulos
,
Nikolaos Epitropakis
,
Agamemnon Krasoulis
,
Vassilis Pitsikalis
,
Stavros Theodorakis
,
Igor Kozlovskii
,
Anton Maliutin
,
Alexander Medvedev
,
Petr Popov
,
Mark Zaretckii
,
Hamid Eghbal-Zadeh
,
Christina Halmich
,
Sepp Hochreiter
,
Andreas Mayr
,
Peter Ruch
,
Michael Widrich
,
Francois Berenger
,
Ashutosh Kumar
,
Yoshihiro Yamanishi
,
Kam Zhang
,
Emmanuel Bengio
,
Yoshua Bengio
,
Moksh Jain
,
Maksym Korablyov
,
Cheng-Hao Liu
,
Marcous Gilles
,
Enrico Glaab
,
Kelly Barnsley
,
Suhasini Iyengar
,
Mary Jo Ondrechen
,
V. Joachim Haupt
,
Florian Kaiser
,
Michael Schroeder
,
Luisa Pugliese
,
Simone Albani
,
Christina Athanasiou
,
Andrea Beccari
,
Paolo Carloni
,
Giulia d'Arrigo
,
Eleonora Gianquinto
,
Jonas Goßen
,
Anton Hanke
,
Benjamin Joseph
,
Daria Kokh
,
Sandra Kovachka
,
Candida Manelfi
,
Goutam Mukherjee
,
Abraham Muñiz-Chicharro
,
Francesco Musiani
,
Ariane Nunes-Alves
,
Giulia Paiardi
,
Giulia Rossetti
,
S. Kashif Sadiq
,
Francesca Spyrakis
,
Carmine Talarico
,
Alexandros Tsengenes
,
Rebecca Wade
,
Conner Copeland
,
Jeremiah Gaiser
,
Daniel Olson
,
Amitava Roy
,
Vishwesh Venkatraman
,
Travis Wheeler
,
Haribabu Arthanari
,
Klara Blaschitz
,
Marco Cespugli
,
Vedat Durmaz
,
Konstantin Fackeldey
,
Patrick Fischer
,
Christoph Gorgulla
,
Christian Gruber
,
Karl Gruber
,
Michael Hetmann
,
Jamie Kinney
,
Krishna Das
,
Shreya Pandita
,
Amit Singh
,
Georg Steinkellner
,
Guilhem Tesseyre
,
Gerhard Wagner
,
Zi-Fu Wang
,
Ryan Yust
,
Dmitry Druzhilovskiy
,
Dmitry Filimonov
,
Pavel Pogodin
,
Vladimir Poroikov
,
Anastassia Rudik
,
Leonid Stolbov
,
Alexander Veselovsky
,
Maria de Rosa
,
Giada De Simone
,
Maria Gulotta
,
Jessica Lombino
,
Nedra Mekni
,
Ugo Perricone
,
Arturo Casini
,
Amanda Embree
,
D. Benjamin Gordon
,
David Lei
,
Katelin Pratt
,
Christopher Voigt
,
Kuang-Yu Chen
(10)
,
Yves Jacob
(11)
,
Tim Krischuns
(10)
,
Pierre Lafaye
(12)
,
Agnès Zettor
(13)
,
M. Luis Rodríguez
,
Kris White
,
Daren Fearon
,
Frank von Delft
,
Martin Walsh
,
Dragos Horvath
,
Charles Brooks
,
Babak Falsafi
,
Bryan Ford
,
Adolfo García-Sastre
,
Sang Yup Lee
,
Nadia Naffakh
(10)
,
Alexandre Varnek
,
Guenter Klambauer
,
Thomas Hermans
1
JKU -
Johannes Kepler Universität
2 PPSM - Laboratoire de Photophysique et Photochimie Supramoléculaires et Macromoléculaires
3 Freie Universität Berlin
4 IQTCUB - Departament de Quimica Fisica and Institut de Quimica Teorica i Computacional
5 CMU - Carnegie Mellon University [Pittsburgh]
6 Institute for Scintillation Materials of NASU
7 CERMN - Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie
8 CRIANN
9 CRIHAN - Centre de Ressources Informatiques de Haute-Normandie, France
10 CNRS-UMR3569 - Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus
11 Génétique moléculaire des virus à ARN
12 Ingénierie des Anticorps (plate-forme) - Antibody Engineering (Platform)
13 PF-CCB - Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform
2 PPSM - Laboratoire de Photophysique et Photochimie Supramoléculaires et Macromoléculaires
3 Freie Universität Berlin
4 IQTCUB - Departament de Quimica Fisica and Institut de Quimica Teorica i Computacional
5 CMU - Carnegie Mellon University [Pittsburgh]
6 Institute for Scintillation Materials of NASU
7 CERMN - Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie
8 CRIANN
9 CRIHAN - Centre de Ressources Informatiques de Haute-Normandie, France
10 CNRS-UMR3569 - Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus
11 Génétique moléculaire des virus à ARN
12 Ingénierie des Anticorps (plate-forme) - Antibody Engineering (Platform)
13 PF-CCB - Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform
Philipp Seidl
- Fonction : Auteur
Katarina Elez
- Fonction : Auteur
Tim Hempel
- Fonction : Auteur
Simon Olsson
- Fonction : Auteur
Robin Winter
- Fonction : Auteur
Filipp Gusev
- Fonction : Auteur
Evgeny Gutkin
- Fonction : Auteur
Maria Kurnikova
- Fonction : Auteur
Chamali Narangoda
- Fonction : Auteur
Ivan Bosko
- Fonction : Auteur
Konstantin Furs
- Fonction : Auteur
Anna Karpenko
- Fonction : Auteur
Yury Kornoushenko
- Fonction : Auteur
Mikita Shuldau
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Artsemi Yushkevich
- Fonction : Auteur
Bertrand Cirou
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Gérard Gil
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William Allen
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Suman Sirimulla
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Stanley Watowich
- Fonction : Auteur
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Nikolaos Epitropakis
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Agamemnon Krasoulis
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- Fonction : Auteur
Stavros Theodorakis
- Fonction : Auteur
Igor Kozlovskii
- Fonction : Auteur
Anton Maliutin
- Fonction : Auteur
Alexander Medvedev
- Fonction : Auteur
Petr Popov
- Fonction : Auteur
Mark Zaretckii
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Hamid Eghbal-Zadeh
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Andreas Mayr
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Peter Ruch
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Michael Widrich
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Francois Berenger
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Ashutosh Kumar
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Yoshihiro Yamanishi
- Fonction : Auteur
Kam Zhang
- Fonction : Auteur
Emmanuel Bengio
- Fonction : Auteur
Yoshua Bengio
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- Fonction : Auteur
Maksym Korablyov
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Marcous Gilles
- Fonction : Auteur
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Andrea Beccari
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Nedra Mekni
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Ugo Perricone
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Arturo Casini
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Amanda Embree
- Fonction : Auteur
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- Fonction : Auteur
David Lei
- Fonction : Auteur
Katelin Pratt
- Fonction : Auteur
Christopher Voigt
- Fonction : Auteur
Tim Krischuns
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1225681
- ORCID : 0000-0003-2693-4701
Pierre Lafaye
- Fonction : Auteur
- PersonId : 18085
- IdHAL : pierre-lafaye
- ORCID : 0000-0002-5761-1342
- IdRef : 060755709
Agnès Zettor
- Fonction : Auteur
- PersonId : 933935
M. Luis Rodríguez
- Fonction : Auteur
Kris White
- Fonction : Auteur
Daren Fearon
- Fonction : Auteur
Frank von Delft
- Fonction : Auteur
Martin Walsh
- Fonction : Auteur
Dragos Horvath
- Fonction : Auteur
Charles Brooks
- Fonction : Auteur
Babak Falsafi
- Fonction : Auteur
Bryan Ford
- Fonction : Auteur
Adolfo García-Sastre
- Fonction : Auteur
Sang Yup Lee
- Fonction : Auteur
Nadia Naffakh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 179330
- IdHAL : nadia-naffakh
- ORCID : 0000-0002-0424-0277
- IdRef : 19427828X
Alexandre Varnek
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797954
- ORCID : 0000-0003-1886-925X
- IdRef : 124416993
Guenter Klambauer
- Fonction : Auteur
Thomas Hermans
- Fonction : Auteur
Résumé
The COVID‐19 pandemic continues to pose a substantial threat to human lives and is likely to do so for years to come. Despite the availability of vaccines, searching for efficient small‐molecule drugs that are widely available, including in low‐ and middle‐income countries, is an ongoing challenge. In this work, we report the results of an open science community effort, the “Billion molecules against Covid‐19 challenge”, to identify small‐molecule inhibitors against SARS‐CoV‐2 or relevant human receptors. Participating teams used a wide variety of computational methods to screen a minimum of 1 billion virtual molecules against 6 protein targets. Overall, 31 teams participated, and they suggested a total of 639,024 molecules, which were subsequently ranked to find ‘consensus compounds’. The organizing team coordinated with various contract research organizations (CROs) and collaborating institutions to synthesize and test 878 compounds for biological activity against proteases (Nsp5, Nsp3, TMPRSS2), nucleocapsid N, RdRP (only the Nsp12 domain), and (alpha) spike protein S. Overall, 27 compounds with weak inhibition/binding were experimentally identified by binding‐, cleavage‐, and/or viral suppression assays and are presented here. Open science approaches such as the one presented here contribute to the knowledge base of future drug discovery efforts in finding better SARS‐CoV‐2 treatments.
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Molecular Informatics - 2023 - Schimunek - A community effort in SARS‐CoV‐2 drug discovery.pdf (1.81 Mo)
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